飲食店やサービス業において、顧客と従業員の健康に対する配慮の観点から、事業者負担でＰＣＲ検査等を受けさせる場合があります。また、感染症対策により業務負担が増加している点を鑑み、一定の役職以上の従業員について、定期健康診断に加えて人間ドックを実施する場合があります。それら場合の課税関係についてまとめます。
１．経済的利益に対する所得税の取扱いの概要
所得税法上、給与所得とは、俸給、給料、賃金、歳費、賞与等による所得（給与等による所得）をいうものと定められています。
また、事業者から役員や従業員が金銭以外の物、権利などの経済的な利益を受けた場合には、その経済的利益についても給与所得に含める必要があります。
ただし、事業者が役員や従業員に対し、役員や従業員の福利厚生等のための費用を負担することにより、役員や従業員が受けた経済的利益については、それが役員や特定の地位にある者のみを対象として行われるものである場合を除き、課税しなくてよいこととされています。
２．業務命令によるＰＣＲ検査費用の取扱い
国税庁が公表しているＦＡＱによれば、業務のために通常必要な費用として、事業者の業務命令により従業員が受けたＰＣＲ検査費用を事業者が負担したときは、その費用については給与等による所得には該当しないものとされています。
このため、業務命令によるＰＣＲ検査費用については、従業員への給与所得課税は生じないものと考えられます。
ただし、業務のために通常必要な費用以外の費用（例えば、従業員が自己の判断により受けたＰＣＲ検査費用や、従業員が自己の判断により支出した消毒費用など）や、予め支給した金銭について業務のために通常必要な費用として使用しなかった場合でもその金銭を企業に返還する必要がないものは、従業員に対する給与として課税対象となります。
３．特定の従業員のみを対象とする人間ドック費用を事業者が負担した場合の取扱い
人間ドックの費用については、役員や従業員の健康管理上の必要があるとしても、役員や特定の地位にある者のみを対象としてその費用を負担するような場合には、上記１．の取扱いに基づき、事業者が負担した検診料相当額については給与等として所得税が課税されるものと考えられます。
したがって、感染症関連であっても、特定の従業員の人間ドックを事業者負担で実施した場合には、対象従業員に対して健診料相当額の給与所得課税が生じるものと考えられます。
